無論干濕雞糞，未經完全發酵都容易引發大棚毀滅性災難，造成巨大的經濟損失。
一是燒根，燒苗，熏棵，死株。嚴重的成片或者滿棚死亡，貽誤農時，損失工費和種苗投資。尤其是冬春大棚內施用雞糞安全隱患最大。
二是鹽化大棚內土壤，果實不開個。連年施用雞糞，土壤中存留大量的氯化鈉鹽，平均每6平方米雞糞含鹽分30～40公斤，而每畝地含10公斤鹽分已經嚴重制約土壤通透性和活性，固化磷肥、鉀肥、鈣鎂鋅鐵硼錳等重要元素，出現植株生長異常，花蕾稀落，果實不開個等減產現象。
三是誘發各種根際病害和病毒病害。由于雞糞造成植株體內碳氮比失衡，加重土壤鹽澤化，致使莖基部和根部組織遭受化學創傷和嚴重破壞，給自身攜帶的大量病毒病菌、土傳性帶病細菌、病毒提供了入口和侵染機會，在合適的濕度和溫度條件下極易暴發病害，造成植株萎蔫，黃枯，萎縮不長，無花無果，甚至死亡。病毒病、疫病、莖基腐病、根腐病、青枯病成為施用雞糞最明顯的后遺癥。
四是大量滋生根結線蟲。雞糞是根結線蟲的宿營地和溫床，自身攜帶根結線蟲卵的數量為每1000克100個，雞糞中的線蟲卵極易孵化，一夜之間倍增數萬，土壤中的線蟲在有雞糞的地塊發生率提高500%倍以上。線蟲對化學藥劑有極為敏感的趨避性，施藥后線蟲會迅速轉移到地下0.5～1.5米的深處躲避，所以很難根治。尤其對于3年以上老棚，根結線蟲是最致命的隱患之一。（廖廣坤）