“ＥＭ”微生物群體在環境治理中的聯合作用分解有機污染物的原理與禽畜圈糞便處理一樣，一方面是抑制腐敗細菌的生長，改善有機物的分解途徑，減少ＮＨ3和Ｈ2Ｓ的稀放量和胺類物質的產生，同時有光合細菌中某些種利用Ｈ2Ｓ作供氫體消耗Ｈ2Ｓ，消除環境中的惡臭，減少蚊蠅蘗生。
廁所和生活污水處理
用ＥＭ原露處理生活污水，在水源口加ＥＭ原露發酵液，使ＥＭ原露發酵液滲入污水中，經沉淀、發酵、凈化三種處理，廁所糞便被分解，經凈化三天后水透明度達標，處理后的廢水可循環再利用。餐館廢水含油脂量大，經ＥＭ原露處理后，含油脂污水經24小時可被凈化。
有機廢水處理方法
廁所和生活污水處理：在水源口每天加入1000倍的ＥＭ原露稀釋液，污水進入沉淀池后，在沉淀池中澆潑250倍ＥＭ原露稀釋液3％／m3。在廢水排放口填加吸附性強的材料（如多孔陶器），吸附ＥＭ原露稀釋液或發酵料，形成ＥＭ原露菌群大量繁殖的“繁殖場”（類似生物膜作用），使廢水在ＥＭ原露“繁殖場”得到處理。“繁殖場”的形狀、大小和廢水滯留時間要隨廢水所含成分和排放量而定。為了使ＥＭ原露菌群分解有機物有足夠的生物量，在“繁殖場”內可添加 0.1％的糖蜜（紅糖），經過沉淀、發酵、凈化處理，糞便被分解，液化無塊，經三天后水質透明度達標。餐館廢水含油脂量大，按上述方法處理后含油脂污水經24小時可被凈化。
工業廢水處理方法
屠宰場、制革廠、淀粉廠、釀酒廠、造紙廠等工業廢水都可以用ＥＭ原露有益微生物菌劑進行有效的凈化。其方法是：進口處按流量的1％添加250倍ＥＭ原露稀釋液（邊流邊加），廢水流入一級沉淀池，池內裝曝氣管，按每立方澆潑3％的200倍ＥＭ原露稀釋液，曝氣管不斷曝氣使廢水循環24小時，在一級沉淀池出口處填加吸附性強的材料（如多孔陶器）吸附ＥＭ原露稀釋液或發酵料，形成ＥＭ原露菌群大量繁殖的“繁殖場”，經ＥＭ原露繁殖場流入二級沉淀池，經過同樣辦法處理后流入三級沉淀池處理，廢水得到凈化，水質清亮，可以再循環利用。